FODMAP’s worden voornamelijk in plantaardige voedingsmiddelen teruggevonden, met uitzondering van lactose. Aangezien vegetariërs en veganisten (bij voorkeur) plantaardige voedingsmiddelen in hun dieet inschakelen, kan dit soms een moeilijke en uitdagende (maar geen onmogelijke) combinatie zijn met het laag FODMAP-dieet.
De eiwitinname van vegetariërs wordt vaak beperkt in het laag FODMAP-dieet, aangezien een groot aantal eiwitrijke, plantaardige voedingsmiddelen FODMAP-rijk zijn: bonen, bepaalde notensoorten, erwten … Gelukkig zijn er een aantal plantaardige voedingsmiddelen die een noemenswaardige hoeveelheid eiwitten bevatten en toch kunnen ingeschakeld worden tijdens het laag FODMAP-dieet.
Tofu is een wrongel gemaakt van sojabonen. Tijdens het bereidingsproces worden de FODMAP’s afgescheiden waardoor het laag is in FODMAP’s. Tofu is een goede bron van eiwitten, eveneens van zink en ijzer. 
Tempeh is ook een sojaproduct met een grote hoeveelheid eiwitten. Tempeh is bereid met hele sojabonen, maar deze werden gefermenteerd tijdens het productieproces, waardoor het ook weinig FODMAP’s bevat.
Quorn als vleesvervanger gebruiken is eveneens een goede optie in het laag FODMAP-dieet
Een aantal graansoorten die laag zijn in FODMAP’s hebben een relatief hoog eiwitgehalte. Denk hierbij zeker aan quinoa en havermout.
Het merendeel van de peulvruchten is hoog in galactanen, waardoor ze niet passen in het laag FODMAP-dieet. Edamame kunnen geschakeld worden want ze zijn laag in FODMAP’s. Ter variatie kunnen kikkererwten (tot 85g) en linzen uit blik (tot 45g) in kleine hoeveelheid ingeschakeld worden, ze zijn beperkt in FODMAP’s.
Noten en zaden, zoals paranoten, macadamia’s, pecannoten, walnoten, zonnebloempitten, pompoenpitten, zijn laag in FODMAP’s en bevatten een noemenswaardige hoeveelheid eiwitten. 
Ook pinda’s en pindakaas kunnen ingeschakeld worden als laag in FODMAP’s en goede eiwitbronnen.
Marmite bevat een beduidende hoeveelheid eiwitten (4g op 10g product) en is FODMAP-arm.
Een vegetariër die eieren, lactosevrije melkproducten en harde kazen in zijn dieet toelaat, heeft hierbij nog een aantal extra bronnen van eiwitten in zijn/haar voeding. Harde kazen zijn toegelaten indien de hoeveelheid koolhydraten lager dan 1g/100g bedraagt.
De plantaardige melkvervangers zijn geen goede bron qua eiwitgehalte, maar ter volledigheid is het toch belangrijk om te vermelden dat niet alle plantaardige drinks kunnen ingeschakeld worden. Er zijn er aantal laag in FODMAP’s, zoals amandel-, haver-, hazelnoot-, hennep- en macadamiadrink.
Kelly